Las protoberberinas son alcaloides isoquinoleínicos tetracíclicos cuaternarios o terciarios (tetrahidroprotoberinas), ampliamente distribuidos: Berberidaceae, Menispermaceae, Ranunculaceae, Annonaceae, Papaveraceae.

Presentan diversas aplicaciones farmacológicas: narcotina (=noscapina) propiedades antitusivas, bicuculina con actividad antagonista del ácido gamma-amino butírico, la nitidina y fagorina poseen propiedades antitumorales por inhibir la transcriptasa-inversa. Pero pocos de estos alcaloides son utilizados en la actualidad.