Los alcaloides isoquinoleínicos son derivados de los aminoácidos aromáticos fenilalanina y tiorisina, tienen en su estructura un núcleo de isoquinoleína. Los más importantes son los aporfinoides, las bencilisoquinoleínas, los curares, las protoberberinas y los morfinanos. Se incluyen además las bencilisoquinoleínas, las bisbenciltetrahidroisoquinoleínas, las fenetilisoquinoleínas y los isoquinoleín-monoterpenos.

Bisbenciltetrahidroisoquinoleínas: se conocen unas 400 moléculas repartidas en una docena de familias, principalmente Menispermiaceae (Abuta, Albertisia, Cocculus, Stephania, Tilacora, etc.), Ranuculaceae (Thalictrum), Berberidaceae (Berberis, Mahonia), Monimiaceae (Daphnandra), Annonaceae (Phaeanthus, Popwia, Pseudoxandra, Uvaria, etc.), o Lauraceae (laurel). Su interés farmacológico es limitado, la tetrandrina tiene propiedades antitumorales en leucemias, la cefarantina y otras tienen actividad antituberculosa; la pendulina es hipotensora.

Fenetilisoquinoleínas: la más importante es la colchicina que aparece en el cólchico.

Isoquinoleín-monoterpénicos: la más importante es la emetina de la ipecacuana.