Definición: compuestos fenólicos originados por la vía del ácido sikímico, igual que los flavonoides presentan un encadenamiento en C15 de tipo Ar-C3-Ar que en este caso se encuentra reagrupado según un motivo 1,2-difenilpropánico.

Distribución: restringida, dos géneros de gimnospermas (Podocarpus, Juniperus), algunas angiospermas (Iris, Wyethia), son casi específicos de Fabaceae, resultado de la especificidad de la ezima que convierte una flavona en isoflavona.

Diversidad: en 1990 se conocían 870 isoflavonoides, clasificados según una docena de tipos estructurales diferentes dependiendo de su grado de oxidación y la existencia de heterociclos complementarios. En todos los tipos puede observarse la elevada frecuencia de derivados isoprenilados y, por tanto, de estructuras furánicas, dihidrofuránicas y piránicas. Se destacan los rotenoides, que poseen un carbono suplementario.

Actividad biológica: en los vegetales, gran número de estructuras isoflavonoídicas son fitoalexinas, es decir sustancias producidas por la planta en respuesta a una infección por un agente patógeno, normalmente de naturaleza fúngica. Son por tanto productos naturales de defensa de los organismos que los producen.

Aplicaciones: desde el punto de vista farmacológico son casi inexistentes, la aplicación más conocida es la insecticida de los rotenoides. También se conocen sus propiedades estrogénicas, origen de infertilidad en ovinos que consumen un exceso de trébol, menos activas en vacuno probablemente a diferencias en metabolismo.

Actividad estrogénica: las semillas de soja llevan dos isoflavonas: daidzeína y genisteína, que aparecen también en sus productos derivados, éstas y sus derivados se fijan sobre los receptores estrogénicos desarrollando normalmente una débil actividad estrogénica. Son también inhibidores de tirosinquinasas que intervienen en procesos de transformación y proliferación celular. En animales disminuyen la cancerogénesis mamaria y prostática. La genisteína pura es anticancerígena. En humanos estudios epidemiológicos indican una baja incidencia de enfermedades hormono-dependientes relacionadas con el consumo de soja (Extremo Oriente). Algunos estudios sugieren que las isoflavonas y la soja disminuyen los síntomas de la menopausia (sofocos, etc.) y el riesgo de desarrollo de osteoporosis.

Rotenoides: relacionados biogenéticamente con los isoflavonoides, poseen un sistema de cuatro ciclos. El principal representante es la rotenona, principio activo mayoritario de las raíces de diversas Fabaceae tropicales de los géneros Derris, Lonchocarpus, Milletia, Mundulea y Tephrosia.