Numerosos alcaloides tienen un origen biogenético mixto, como ocurre en los alcaloides indolmonoterpénicos (triptófano y secologanósido) o las furoquinoleínas (ácido antranílico y pirofosfato de isopentenilo). En otros casos el alcaloide no proviene de un aminoácido, sino de un terpeno como los monoterpénicos, sesquiterpénicos, diterpénicos o los esteroídicos. Algunos autores hablan de pseudoalcaloides para referirse a estos compuestos.