Los aminoácidos ornitina y lisina son origen de muchos alcaloides con estructura sencilla o compleja con formación de estructuras policíclicas (pirrolizidinas, indolizidinas, quinolizidinas, pantaciclinas). La complejidad se puede originar también por la intervención de otros precursores: acetato (tropanos, homotropanos, eleaocarpina), fenilalanina (fenantroindolizidina, fenantroquinolizidina), triptófano (elaeocarpidina), ácido nicotínico (nicotina, anabasina), ácido fenilpropanoico (alcaloides de Lythraceae).

El interés farmacológico de estos alcaloides es desigual. Algunos son de uso terapéutico habitual (atropina, escopolamina), otros tienen un empleo restringido (esparteína) o sólo histórico (lobelina, arecolina). Es necesario conocer la toxicidad de muchos de ellos. Algunos actúan eficazmente contra los retrovirus (castanospermina) o se ensayan contra la enfermedad de Alzheimer (huperizina).

Los principales grupos son:

tropánicos pirrolizidínicos quinolizidínicos indolizidínicos peperidínicos