Un gran número de estructuras alcaloideas proceden del metabolismo de los aminoácidos aromáticos fenilalanina y tirosina y el esqueleto estructural básico es la isoquinoleína. Casi siempre se trata de alcaloides isoquinoleínicos, que incluyen los aporfinoides, los curares, las protoberberinas, los morfinanos y otros alcaloides relacionados.

Por tener un origen común también se consideran ciertas aminas aromáticas, las fenetilaminas como la efedrina o la mescalina, aunque no responde a la definición clásica de alcaloides pero son considerados como tales.