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Clasificación: se pueden separar en dos grandes grupos:
- Pigmentos con nitrógeno
- La clorofila
- Las betalaínas
- Los pigmentos indigoides, relacionados con la melanina, como el índigo, el púrpura de Tiro y la riboflavina o vitamina B2, que es un pigmento amarillo.
- Pigmentos sin nitrógeno:
- Fenólicos
- Quinonas: producen colores amarillos, rojos y naranjas, algunos se acumulan en grandes cantidades en los insectos que son utilizados como fuente de tintes (la cochinilla del nopal). Antraquinonas como la alizarina de la rubia de tintoreros, naftoquinonas como la alkanina de la aragamula.
- Flavonoides, responsables de la coloración de las flores, originando pigmentaciones rojas y azules. Flavonoles amarillos como las chalconas y auronas.
- Antocianósidos (antocianidoles, antocianinas): responsables del color rojo, rosa, malva, púrpura, azul o violeta de la mayor parte de las flores y frutos. Las antocianinas se originan a partir de un tipo de flavonoides, los flavonoles, y proporcionan colores ocres y pardos.
- Terpenos
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